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牛!组学国标项目尘埃落定,竟是以一家公司的流程为蓝本!

字号+ 作者:澳门正规博彩50大网站|澳门正规网上真人博彩|澳门娱乐场排行榜网站 来源:未知 2018-09-19 14:16 我要评论( )

近日,国家重点研发计划重点专项《医学生命组学数据质量控制关键技术研发与应用》获得立项。这个被坊间称

牛!组学国标项目尘埃落定,竟是以一家公司的流程为蓝本!

 

近日,国家重点研发计划重点专项《医学生命组学数据质量控制关键技术研发与应用》获得立项。这个被坊间称为“组学国标”的项目自年初申报指南公布以来就被各界广泛关注,是因为精准医学已经提出了很久,却连一个标准都没有,各家单位质量参差不齐,错漏百出,造成了很多悲剧,这比劣质疫苗的危害要大得多,因此国家迫切地需要一套质控标准。鉴于这个标准对未来精准医学全行业的决定性意义,可以说谁能拿下这个“组学国标”项目,谁就将制定未来的精准医学的标准,从而重新建立行业生态。

在核酸组学、蛋白质组学、代谢组学这三大组学领域中,目前仅有核酸组学(即高通量测序)实质上进入了精准医学临床实践,因而测序的质控标准最受人关注。而这个“组学国标”项目的核酸组学部分,竟是以一家公司的现有流程为蓝本写成,最终通过严格的专家评审而胜出。这家公司是深圳承启生物科技有限公司,拥有目前唯一的中国全自主基因检测全流程。

精准医学实践中,高通量测序的全流程包括样本保存运输、样本处理、上级测序、数据分析这几大阶段。在每个阶段中,承启生物都有自己独特的技术。

在样本保存运输阶段,承启生物已全面实现了DNA和RNA样品的常温/冷藏运输,并使其不降解。在同行业机构普遍需要采用冷冻甚至干冰冷链运送样本的现状下,承启的样品运输技术可大幅度降低成本,提高物流速度。例如从美国寄到中国的样品,用干冰快递运费高达5000元以上,而采用常温运输则不到300元,便宜近20倍的基础上,速度还能快一倍。

在样本处理阶段,承启有一系列专有的前处理技术,不仅能可靠地处理普通的样本,也能处理超微量甚至高度降解的样本,得到良好的效果。2015年,承启参与了中国缅甸远征军遗骸DNA鉴定的工作,面对乱葬于热带雨林地区长达73年、侵蚀破坏极其严重的遗骸,竟然能将其全基因组测序出来,突破了以往人类技术的极限。(http://v.youku.com/v_show/id_XMTQzNjM1MDI3Mg==.html?spm=a2h0k.11417342.soresults.dtitle)

在上机测序阶段,承启拥有目前所有种类NGS测序仪的操作经验,包括国产BGISEQ/MGISEQ测序仪。承启技术人员对各种测序仪的原理了如指掌,不仅仅是应用的专家,甚至可以直接对测序仪“动手术”。为了对测序仪进行深度挖潜,承启技术人员曾在没有任何图纸和技术资料参考的情况下,对其光学和机械部分进行改造、对试剂进行改进,使测序质量和数据产出能稳定地超过原厂标称水准。这种能力也使承启可以完成一些在现有测序仪标准流程之下无法进行的特殊测序应用。

在数据分析阶段,承启有国内唯一全自主知识产权的超高精度分析算法FANSe系列,其精度已接近理论极限,其最新一代算法FANSe3在2018年1月实现单机一小时分析全基因组(/a/view/1735.html)、一分钟分析全外显子组(http://kb.southcn.com/content/2018-01/22/content_180523721.htm)、一秒钟分析全转录组(http://academic.oup.com/nar/article/46/D1/D206/4584635)的惊人速度,这一纪录至今仍无人打破。FANSe系列算法稳健性极好,对各种测序仪兼容性良好。经大量实验验证,FANSe系列算法结果的实验可验证性接近100%,显著优于国外同类算法。由于其极高的精度,被国际人类蛋白质组计划列为其核心支柱的首选算法。

承启生物的这一流程,经历了数十万例样本商业化运行的考验。由于其高度自主化的先进技术,可以做到任何环节的随时改进、随时定制,以满足层出不穷的精准医学新应用的需求。承启的几位核心技术人员,包括首席科学家张弓教授等,也作为骨干研究人员参与本次“组学国标”项目中。因此“组学国标”项目核酸组学(高通量测序)以承启的流程为蓝本,也就在情理之中了。

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